| 数据库类别 | | | | | 代表数据库名及应用 |
|---|
| 核苷酸序列数据库 | 国际苷酸序列数据库集 | | | | DDBJ：所有已知的核苷酸序列与蛋白质序列 |
| | | | | | EMBL：所有已知的核苷酸序列与蛋白质序列 |
| | | | | | GenBank：所有已知的核苷酸序列与蛋白质序列 |
| | DNA序列：基因，保守序列模式及调控位点 | | 有关代码DNA序列 | | ACLAME：基因移动因子分类数据库 |
| | | | | | CUTG：Genbank数据库中的代码应用分类数据库 |
| | | | | | HERVd：人类内源性逆转录病毒数据库 |
| | | | | | NPRD:核小体定位区间数据库 |
| | | | | | TIGR Gene Indices：基因序列与组织专一化数据库 |
| | | | | | VectorDB：核酸向特征及分类数据库 |
| | | | 基因结构，内含子，外显子 | | ASD：选择性剪切数据库 |
| | | | | | EASED：扩展选择性剪切EST数据库 |
| | | | | | HS3D：现代人剪切位点数据库 |
| | | | | | Splice DB：典型与非典型的哺乳动物剪切位点数据库 |
| | | | 转录调节位点与转录因子 | | ACTIVITY：功能DNA/RNA位点数据库 |
| | | | | | DBTBS：枯草杆菌起动与转录因子数据库 |
| | | | | | EPD：真核起动子数据库 |
| | | | | | JASPAR：转录因子DNA结合位点位置专一化得分矩阵 |
| | | | | | TESS：转录子搜索系统 |
| | | | | | TRED：转录调控元素数据库 |
| | | | | | TRANSFAC：转录因子和连接位点数据库 |
| RNA序列数据库 | | | | | 16S与23S rRNA Mutation Database：16S与23S核糖体RNA突变数据库 |
| | | | | | ARED：mRNA中AU丰富数据库 |
| | | | | | NCIR：RNA结构中非典型相互作用数据库 |
| | | | | | tmRDB：tmRNA数据库 |
| | | | | | Rfam：非代码RNA家族数据库 |
| 蛋白质序列数据库 | 综合数据库 | | | | EXProt：被实验证实功能的蛋白质序列数据库 |
| | | | | | PA-GOSUB：根据模型器官，GO数据库确认及亚细胞定位的蛋白质序列数据库 |
| | | | | | Swiss-Prot：蛋白质序列数据库 |
| | | | | | TrEMBL：应用计算机注释与翻译EMBL数据库 |
| | | | | | UniProt：所有蛋白质序列累积数据库 |
| | 蛋白质性质数据库 | | | | AAindex：氨基酸理化性质数据库 |
| | | | | | ProNIT：蛋白质与核酸相互作用热动力学数据库 |
| | | | | | ProTherm：天然型与突变型蛋白质热动力学数据库 |
| | | | | | TECRdb：酶催化反应热动力学数据库 |
| | 蛋白质定位与靶向数据库（Protein localization and targeting） | | | | DDSubLoc：蛋白质在亚细胞单元定位数据库 |
| | | | | | NESbase：核输出信号数据库 |
| | | | | | NLSdb：核定位信号数据库 |
| | | | | | NMPdb：核基质联合蛋白质数据库 |
| | | | | | NOPdb：核仁蛋白质组数据库 |
| | | | | | PSORTdb：细菌中蛋白质在亚细胞单元中定位数据库 |
| | | | | | SPD：分泌蛋白质数据库 |
| | | | | | THGS：基因组序列中跨膜螺旋蛋白质数据库 |
| | | | | | TMPDB：由实验确定的跨膜蛋白拓扑数据库 |
| | 蛋白质保守序列模式及活性位点数据库 | | | | ASC：活性序列集合：生物活性肽数据库 |
| | | | | | BLOCKS：蛋白质家族中保守区间比对数据库 |
| | | | | | CSA：催化位点图谱，已知三维结构的酶的活性位点及催化位点数据库 |
| | | | | | COMe：生物有机蛋白分类数据库 |
| | | | | | CopS：综合肽信号数据库 |
| | | | | | eBLOCKS：高度保守蛋白质序列块 |
| | | | | | eMOTIF：蛋白质保守序列模式的确定与搜索 |
| | | | | | Metalloprotein Site Database：金属蛋白中金属连接位点数据库 |
| | | | | | O-GlyBase：蛋白质中用O和C连接的糖基化位点数据库 |
| | | | | | PDBsite：蛋白质三维结构功能位点数据库 |
| | | | | | PROSITE：生物学显著的蛋白质模式与突变谱数据库 |
| | 蛋白质功能区域；蛋白质分类数据库 | | | | ADDA：蛋白质功能区域分类数据库 |
| | | | | | CDD：保守功能区域数据库：主要来自于Pfam，SMART，COG和KOG数据库 |
| | | | | | CluSTr：Swiss-Prot+TrEMBL蛋白聚类数据库 |
| | | | | | FunShift：在同一个蛋白质功能的家族的子家族之间功能异化数据库 |
| | | | | | PRINTS：启发式基因家族指纹谱数据库 |
| | | | | | Pfam：蛋白质家族数据库：根据多重序列比对和突变谱HMM构建 |
| | | | | | ProtoMap：将Swiss-Prot依不同层次分类的数据库 |
| | | | | | S4：SCOP超级家族中基于结构的序列比对数据库 |
| | 单个蛋白质家族数据库 | | | | AARSDB：酰氨转移-tRNA合成酶数据库 |
| | | | | | ASPD：人工选择的蛋白质/肽数据库 |
| | | | | | Bac Tregulators：AraC和TetR家族转录调节子数据库 |
| | | | | | CSDBase：冷休克蛋白功能区阈数据库 |
| | | | | | GPCRDB：G蛋白偶联受体数据库 |
| | | | | | Histone Database：组蛋白折叠序列与结构数据库 |
| | | | | | ProLysED：细菌蛋白酶数据库 |
| | | | | | TrSDB：转录因子数据库 |
| 结构数据库 | 小分子数据库 | | | | ChEBI：对生物有反应的化学条目 |
| | | | | | AANT：氨基酸与核苷相互作用数据库 |
| | 碳水化合物数据库 | | | | CCSD：复合碳水化合物结构数据库 |
| | | | | | GlycoSuiteDB：N-和O-多糖结构与生物资源数据库 |
| | 核酸结构数据库 | | | | NDB：核酸包含结构数据库 |
| | | | | | NTDB：核酸热动力学数据库 |
| | | | | | RNABase：由PDB和NDB中包括RNA的结构数据库 |
| | | | | | SCOR：RNA结构分类数据库，有关RNA结构，保守序列模式，功能及三级结构相互作用 |
| | 有关蛋白质结构方面的数据库 | | | | ArchDB：蛋白质环结构自动分类数据库 |
| | | | | | ASTRAL：已知结构的功能区，被选出的子集和序列结构相关的序列数据库 |
| | | | | | BAliBASE：多重序列比对比较的数据库 |
| | | | | | BioMagReBank：蛋白质与核酸的NMR光谱数据库 |
| | | | | | CADB：蛋白质数据库的构象角数据库 |
| | | | | | CATH：蛋白质功能区域自动分类数据库 |
| | | | | | CE：蛋白质三级结构比对数据库 |
| | | | | | CKAAPsDB：序列不相似但结构相似的蛋白质数据库 |
| | | | | | Dali：应用Dali搜索引擎得到的蛋白质折叠分类数据库 |
| | | | | | Decoys ‘R’ Us：由计算机产生构象的数据库 |
| | | | | | DsiProt：蛋白质无序结构数据库 |
| | | | | | DomIns：已知蛋白质结构功能区阈插入数据库 |
| | | | | | eF-site：功能位点静电表面数据库：蛋白质活性位点的静电势与疏水性 |
| | | | | | GenDis：蛋白质结构超级家族基因组分布数据库 |
| | | | | | GTOP：根据基因组序列预测蛋白质折叠数据库 |
| | | | | | HOMSTRAD：同源结构比对数据库 |
| | | | | | MolMovDB：生物大分子运动数据库，主要描述蛋白质及生物大分子运动 |
| | | | | | LPFC：蛋白质核结构家族库 |
| | | | | | PDB：蛋白质结构数据库，搜集了所有蛋白质及核酸结构的数据库 |
| | | | | | PDBsum：对PDB结构总结分析数据库 |
| | | | | | PDB_TM：已知三级结构的跨膜蛋白数据库 |
| | | | | | ProteinFolding Database：蛋白质折叠实验数据库 |
| | | | | | SCOP：由专家参预的蛋白质结构分类数据库 |
| | | | | | Sloop：蛋白质环分类数据库 |
| | | | | | Structure Superposition Database：TIM桶状结构的配对叠合数据库 |
| 基因组数据库 | 基因注释项，规范描述及相关术语 | 有关常用命名方面的数据库 | | | Genew：人类基因命名 |
| | | | | | GO：基因功能的规范描术数据库 |
| | | | | | GOA：有关EBI的基因功能的规范描述数据库 |
| | | | | | IUBMB Nomenclature数据库：有关酶，跨膜转移，电子转移蛋白及其它蛋白命名。 |
| | | | | | IUPAC Nomenclature数据库：由IUBMB与IUPAC联合委员会通过的生化与有机小分子的命名 |
| | | | | | IUPHAR-RD：国际药学联合会推荐的有关受体命名和药物分类数据库 |
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| | | 分类与鉴定数据库 | | | 细菌鉴定与分类的gyrB数据库 |
| | 综合基因数据库 | | | | COG：蛋白质直系同源组聚类数据库 |
| | | | | | COGENT：完全基因组跟踪数据库，根据完全基因序列预测肽 |
| | | | | | DEG：细菌与酵母必须基因数据库 |
| | | | | | FusionDB：细菌与古菌基因剪切（融合）事件数据库 |
| | | | | | Genome Atlas：序列基因组的DNA结构性质数据库 |
| | | | | | GOLD：基因组在线数据库 |
| | | | | | Integr8：全基因组蛋白质功能分类数据库 |
| | | | | | KEGG：基因与基因组京都百科全书，有关基因，蛋白质及代谢路径整合组数据库 |
| | | | | | TransportDB：根据TC分类系统预测全基因组中的跨膜转运数据库 |
| | | | | | WIT3：有关微生物全序列基因组代谢重建数据库 |
| | | 细菌类 | | | HCVDB：肝炎C型病毒数据库 |
| | | | | | HIV Drug Resistance数据库：具有抗药性能的HIV突变数据库 |
| | | | | | HIV Molecular Immunology数据库：HIV抗原决定基数据库 |
| | | | | | HIV RT and Protease Sequence数据库：HIV逆转录酶及蛋白质酶序列数据库 |
| | | | | | VIDA：同源病毒蛋白家族数据库 |
| | | | | | VirOligo：有关PCR及其杂化的病毒专一化寡聚核苷酸数据库 |
| | 生物种类专一化数据库 | | | | |
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| | | 原核生物类 | | 总述 | BacMap：注释细菌基因组图谱数据库 |
| | | | | | MetaGrowh：细菌病原体生长要求数据库 |
| | | | | | PGTdb：原核生物生长温度数据库 |
| | | | | 大肠杆菌类（Escherichia coli） | ASAP：对大肠杆菌及其相关基因组系统注释包裹 |
| | | | | | CyberCell数据库：有关E.coli K12的应用数学模型模拟的数据库集合 |
| | | | | | coliBase：有大肠杆菌，沙门氏菌属及志贺氏杆菌的数据库 |
| | | | | | PEC：有关大肠杆菌染色体图谱 |
| | | | | | RegulonDB：大肠杆菌中转录调节及操纵组织数据库 |
| | | | | 枯草杆菌类 | BSORF：京都大学枯草杆菌基因组数据库 |
| | | | | | NUSub：里昂大学非冗枯草杆菌数据库 |
| | | | | | SubtiList：巴斯德研究院枯草杆菌基因组数据库 |
| | | | | 其它细菌类 | BioCyc：多种细菌路径及基因组数据库 |
| | | | | | CampyDB：弯曲杆菌属基因组分析数据库 |
| | | | | | ClostriDB：梭菌属完成的与未完成的基因组数据库 |
| | | | | | Virulence Factors：有关微生物毒性因子数据库 |
| | | 单细胞真核生物 | | | ApiEST-DB：从各种各样Apicomplexan寄生虫获得的EST序列 |
| | | | | | CryptoDB：有关Cryptosporidium parvum基因组数据库 |
| | | | | | ToxoDB：鼠弓形体基因组数据库 |
| | | 真菌类 | | 酵母菌类 | AGD：Ashbya棉花基因组数据库 |
| | | | | | CandidaDB：加拿乳头状体基因组数据库 |
| | | | | | CYGD：MIPS综合酵母基因组数据库 |
| | | | | | SCPD：酿酒酵母起动子数据库 |
| | | | | 其它真菌类 | CADRE：中心化曲霉菌数据集 |
| | | | | | MNCDB：MIPS粗糙链孢霉数据库 |
| | | | | 克氏病 | Intronerator：C.elegans和C. briggsae内含子和剪切数据库 |
| | | | | | RNAiDB:克氏病基因表型的RNAi表型分析 |
| | | 无脊椎动物 | | | WILMA：克氏病注释数据库 |
| | | | | | WorfDB：克氏病ORF组数据库 |
| | | | | 黄猩猩果蝇 | FlyBase：果蝇序列与基因组信息 |
| | | | | (Drosophila melanogaster) | FlyBrain：果蝇神经系统数据库 |
| | | | | | DPDB：果蝇多聚态数据库 |
| | | | | 其它无脊椎动物 | AppaDB：线虫Pristionchus pacificus数据库 |
| | | | | | BeetleBase：甲虫Tribolium castaneum基因组数据库 |
| | | | | | CnidBase：刺胞动物进化和基因表达数据库 |
| | | | | | PPNEMA：植物寄生线虫rRNA数据库 |
| 代谢酶和路径；信号路径数据库 | 酶与酶命名数据库 | | | | BRENDA：酶名称与生物化学性质数据库 |
| | | | | | ENZYME：酶命名与性质数据库 |
| | | | | | Enzyme Nomenclature：IUBMB命名委员会推荐数据库 |
| | | | | | IntEnz：整合酶数据库与酶命名 |
| | | | | | PDBrtf：PDB中酶的目标家族代表数据库 |
| | | | | | SCOPEC：功能区阈催化功能图谱数据库 |
| | 代谢路径数据库 | | | | BioSilico：各类代谢数据库整合 |
| | | | | | KEGG 路径：全基因组代谢与调节路径数据库 |
| | | | | | MetaCyc：各种生物体代谢路径与酶数据库 |
| | 分子间相互作用和信号路径数据库 | | | | 3DID：已知三维结构的蛋白质功能区阈与功能区阈相互作用蛋白质 |
| | | | | | aMAZE：生物化学与信号路径网络的注释，管理与分析系统 |
| | | | | | BIND：生物分子相互作用网络数据库 |
| | | | | | BioCarta：代谢与信号路径在线图 |
| | | | | | DIP：蛋白质相互作用数据库 |
| | | | | | DRC：核糖体交互链接数据库 |
| | | | | | POINT：人类蛋白质蛋白质相互作用组数据库 |
| | | | | | STCDB：信号转导分类数据库 |
| 人类与其它脊椎动物基因组 | 模型生物与比较基因组数据库 | | | | AllGene：人类和小鼠基因，转录及蛋白质注释数据库 |
| | | | | | DED：进化距离数据库 |
| | | | | | FANTOM：小鼠全长cDNA克隆功能注释数据库 |
| | | | | | GALA：基因组比对，注释与实验结果数据库 |
| | | | | | IPI：人类，大鼠，小鼠蛋白的非冗余集国际蛋白索引数据库 |
| | | | | | Polymorphix：序列多聚表型数据库 |
| | | | | | Rat Genome数据库：大鼠遗传与基因组数据库 |
| | | | | | TAED：自适应进化数据库 |
| | | | | | VEGA：脊椎动物基因组数据 |
| | 人类基因组数据库，图谱及阅读器 | | | | AluGene：人类基因组完全运算图 |
| | | | | | GroW 21：人类21号染色体数据库 |
| | | | | | GDB：人类基因与基因组图数据库 |
| | | | | | GeneLoc：基因定位数据库 |
| | | | | | HOWDY：人类组织全基因组数据库 |
| | | | | | IXDB：人类X染色体物理图 |
| | | | | | Map Viewer：应用染色体位置基因组信息展示图 |
| | | | | | TRBase：人类基因组串联重复数据库 |
| | 人类蛋白 | | | | H-InvDB：全长人类cDNA克隆数据库 |
| | | | | | HPMR：人类血浆膜受体数据库，包括序列，文献及表达数据库 |
| | | | | | HPRD：人类蛋白参考标准数据库，包括功能区域构建，翻译后修饰及其相关疾病 |
| | | | | | LIFEdb：人类蛋白质的定位，相互作用和功能数据库 |
| 人类基因与疾病数据库 | 综合数据库 | | | | DG-CST：疾病基因保守序列标签数据库 |
| | | | | | PMD：蛋白质突变编译数据库 |
| | | | | | SOURCE：人类，小鼠与大鼠的功能基因组资源数据库 |
| | | | | | ORFDB：由Invitrogen销售的ORF |
| | 人类突变数据库 | | | 综合多形态数据库 | ALFRED：等位基因频率与DNA多型态数据库 |
| | | | | | BayGenomics：与冠心病和肺部相关基因数据库 |
| | | | | | Cypriot national mutation database：塞浦路斯人群疾病突变数据库 |
| | | | | | dbQSNP：SNP等位基因频率定量数据库 |
| | | | | | FESD：功能性SNP数据库，包括在人类基因的起动子，UTRs上的SNP |
| | | | | | HGVS数据库：人类突变编辑数据库 |
| | | | | | IPD:免疫多聚形态数据库 |
| | | | | | JSNP：日本SNP数据库 |
| | | | | | rSNPs Guide：调节基因区间SNP |
| | | | | | TopoSNP：非同义SNPs的拓朴数据库 |
| | | | | 癌症 | Atlas of Genetics and Cytogenetic in Oncology and Haematology：在肿瘤，血液及有癌症倾向疾病的癌症相关基因，染色体异常的数据库 |
| | | | | | CGED：癌症基因表达数据库 |
| | | | | | Germline p53 mutations：在人类肿瘤和细胞线p53基因的突变数据库 |
| | | | | | MTB：小鼠肿瘤生物学数据库：包括肿瘤类型，基因，分类，发生率及病理学 |
| | | | | 有关基因，系统或疾病专一性数据库 | ALPSbase：自体免疫淋巴组织增生综合症数据库 |
| | | | | | BTKbase：X-链接血中丙球蛋白贫乏突变记录数据库 |
| | | | | | CASRDB：钙敏感受体数据库 |
| | | | | | ERGDB：雌激素响应基因数据库 |
| | | | | | PGDB：前列腺及前列腺疾病基因数据库 |
| | | | | | SCAdb：脊髓与小脑共济失调数据库 |
| 微阵列数据与其它基因表达数据库 | | | | | 5’SAGE：5’末端基因表达系列分析数据库 |
| | | | | | ArrayExpress：公共搜集微阵列基因表达数据库 |
| | | | | | BGED：脑基因表达数据库 |
| | | | | | GEO：基因表达公共站数据库，主要是搜集基因表达谱方面的数据 |
| | | | | | GermOnline：有丝分裂与减数分裂细胞周期中基因表达数据库 |
| | | | | | GXD：小鼠基因表达数据库 |
| | | | | | MethDB：DNA甲基化数据，模式及图谱数据库 |
| 蛋白质组资源数据库 | | | | | 2D-PAGE：微生物研究中蛋白组数据库系统 |
| | | | | | DynaProt 2D：Lactococcus lactis 蛋白质组数据库 |
| | | | | | Open Proteomics Database：人类，酵母，大肠杆菌和分枝杆菌基于质谱的蛋白质组数据库 |
| | | | | | PEP：全蛋白质预测数据库，蛋白质序列在翻译前，翻译中及翻译后蛋白质修饰数据库 |
| | | | | | RESID: 翻译前，翻译中及翻译后蛋白质修饰数据库 |
| 其它分子生物学数据库 | | 药物与药物设计数据库 | | | ANTIMIC：自然抗微生物药物肽数据库 |
| | | | | | AOBase：反义寡聚核苷酸选择与设计 |
| | | | | | APD：抗微生物肽数据库 |
| | | | | | DART：药物不良反应靶点数据库 |
| | | | | | TTD：治疗靶点数据库 |
| | | 有关探针方面的数据库 | | | IMGT/PRIMER-DB：免疫遗传寡聚核苷酸引物数据库 |
| | | | | | PrimerPCR：真核与原核基因的PCR引物数据库 |
| | | | | | QPPD：人与小鼠定量PCR引物数据库 |
| | | | | | RTPrimerDB：实时PCR引物和探针序列数据库 |
| | | 未分类数据库 | | | BioImage：多维生物图像数据库 |
| 细胞器数据库 | | 综合数据库 | | | OGRe：细胞器基因组修复系统 |
| | | | | | Organelle DB：细胞器蛋白与亚细胞结构数据库 |
| | | 线粒体基因与蛋白方面的数据库 | | | AMPDB：阿布属线粒体蛋白的数据库 |
| | | | | | HMPD：人类线粒体蛋白数据库 |
| | | | | | Mitochondrome：多细胞动物线粒体基因数据库 |
| | | | | | MitoDrome：果蝇核解码线粒体数据库 |
| | | | | | MITOP2：线粒体蛋白，基因，疾病数据库 |
| | | | | | MPLMP：植物线粒体蛋白输入机器数据库 |
| | | | | | PLMtRNA：植物线粒体tRNA数据库 |
| 植物数据库 | | 植物综合数据库 | | | BarleyBase：植物基因组表达图谱数据库 |
| | | | | | CR-EST：大麦，豌豆，小麦及土豆数据库 |
| | | | | | CroNet：农作物基因组图谱数据库 |
| | | | | | FLAGdb++：有关植物基因组综合数据库 |
| | | | | | Mendel：已注释的植物ESTs和STSs数据库 |
| | | 拟南芥 | | | AGNS：拟南芥基因网增补数据库，包括基因表达，转基因与突变形态 |
| | | | | | AGRIS：阿布属基因调节信息服务器：包括起动子，转录因子及其目标基因方面的数据库 |
| | | | | | CATMA：完全阿布属转录组微阵列数据库 |
| | | | | | MAtDB：MIPS拟芥南数据库 |
| | | | | | TAIR：阿布属信息资源数据库 |
| | | 水稻 | | | BGI-RISe：北京基因组研究院水稻信息系统 |
| | | | | | INE：整合水稻基因组浏览器 |
| | | | | | IRIS：国际水稻信息系统 |
| | | | | | RAD：水稻注释数据库 |
| | | | | | RiceGAAS：水稻基因组自动注释系统 |
| | | | | | Rice proteome database：水稻蛋白质组数据库 |
| | | 其它植物 | | | MaizeGDB：玉米遗传与基因组数据库 |
| | | | | | SGMD：大豆基因组与微阵列数据库 |
| 免疫学数据库 | | | | | BCIpep：B-细胞抗原决定基数据库 |
| | | | | | dbMHC：人类MHC遗传与临床数据库 |
| | | | | | FIMM：功能分子免疫学数据库 |
| | | | | | IMGT：国际免疫学信息系统，包括免疫球蛋白，T细胞受体，MHC和RPI |
| | | | | | IMGT/Gene-DB：脊椎动物免疫球蛋白与T细胞受体数据库 |
| | | | | | MHCBN：MHC连接与非连接肽数据库 |
| | | | | | MHCPEP：MHC连接肽数据库 |
| | | | | | MPID：MHC肽相互作用数据库 |
| | | | | | VBASE2：人与小鼠Ig定位可变基因数据库 |